சிதம்பரம் கோயில் முதலில் எப்போது தோன்றியது என்பதற்கு சரித்திர சான்று இல்லை. தில்லை வனத்தில் வழிபாடு என்பதும் ஒரு தகவல். அதுவும் கோயிலுக்கு தொலைவில் உள்ளது. ஆயினும் முதலில் இப்பொதுள்ள நடராஜர் கோயில் எப்போது யாரால் நிறுவப்பட்டது என்பதற்கு வரலாற்று சான்றுகள் இல்லை. ஒருவேளை 7ஆம் நூற்றாண்டில் பல்லவர்கள்தான் அதை தொடங்கினார்களோ என்றும் ஊகிக்கலாம்.
தொடக்கத்தில் சிவலிங்க வழிபாடு மட்டும்தான் இருந்திருக்கவேண்டும். 9-10 நூற்றாண்டு சோழர்காலத்தில்தான் நடராஜர்-சிவகாமி செப்பு சிலைகள் உறுவாக்கப்பட்டு வழிபாட்டுக்கு நடைமுறையில் வந்திருக்கவேண்டும். செம்பியன்மாதேவி இதற்கு ஒரு முக்கிய தூண்டுகோலாக இருந்திருக்கலாம். உலோக வார்ப்பட தொழில்நுட்பம் அந்த கால கட்டங்களில்தான் முதிர்ச்சி அடைந்தது. கோயில் உள்ளேயே உள்ள ஆதி லிங்கம் இதற்கு சாட்சி.
726 முதல் 775 வரை ஆட்சி செய்த நந்தி வர்ம பல்லவன், இந்த சிவலிங்கத்துடன் கோயிலின் திருமுற்றத்தில் சிறிய திண்ணையில் நிறுவிய கோவிந்தராஜரின் கல்சிலையையும் நிறுவியுள்ளான். இந்த சிலையைத்தான், தீவீர சைவ பக்தனான இரண்டாம் குலோத்துங்க சோழன் (கி.பி. 1133–1150) கோயிலிலிருந்து அகற்றிதாக தெரிகிறது. ஆனால் பலரும் நம்புவதைப்போல அந்த சிலையை கடலில் எறிந்ததற்கான எந்த ஆதாரமும் கிடையாது. அது சிதம்பரத்திலிருந்து திருப்பதிக்கு எடுத்துச் செல்லப்பட்டிருக்கலாம். அப்போது அந்த கோவிந்தராஜர் விக்கிரகத்தில் விக்கினம் ஏற்பட்டதால் ப்ளாஸ்டர் ஆப் பேரிஸால் சிலை நிறுவப்பட்டதாக அறியப்படுகிறது. அதனால் தான் அங்கு அபிஷேகம் கிடையாது என்றும் சொல்கிறார்கள்.
ஆதி லிங்கம் உள்ள திருமுற்றத்தில், அதாவது அந்த கோயிலின் கருவறையை சுற்றியுள்ள வெளிப்பிரகாரத்தில்தான் அந்த கோவிந்தராஜர் சிலை முதலில்இருந்திருக்க வேண்டும். சைவவர்களின் கை ஓங்கியுரைந்த காலத்தில் ஏடுக்கப்பட்ட கோவிந்தராஜர், பிற்காலத்தில், சைவர்களின் கைதாழ்ந்து பிணக்கு முற்றியிருந்த போது, அச்சுத தேவராயர் 1539-ல் மீண்டும் அந்த இடத்தில்தான் பிரதிஷ்டை செய்திருக்கவேண்டும்.
ராஜராஜ சோழன் காலத்தில் நடராஜருக்கு கோயில் தனியாக எழுப்பப்பட்டு விரிவு படுத்தியிருக்கலாம். தஞ்சை பெரயகோயிலில் ராஜராஜன் குடும்பத்தோடு நடராஜ பெருமானை வழிபடுவதாக வரையப்பட்ட சித்திரத்தில் உள்ள சிலைவடிவம் சிதம்பரம் கோவில் கர்ப்பகிருகத்தில் உள்ளது போன்று உள்ளது. எனவே இந்த நடராஜர் சிலை வடிவம்தான் அதன் தோற்றம் என்று தோன்றுகிறது.

சோழர்களுக்குப் பின் பாண்டியமன்னர்களும், விஜயநகர பேரரசின் கிருஷ்ண தேவராயர் கோவிலின் இராஜ கோபுரம் மற்றும் தஞ்சை நாயக்க மன்னர்கள் கோயிலின் பிரகாரங்கள் கனகசபை உட்பட ஒன்பது மண்டபங்களை கட்டியதாகவும் பல்வேறு திருப்பணிகள் பலபுரிந்ததாகவும் கல்வெட்டுகளின் மூலம் அறியப்படுகிறது.
1597இல் கிருஷ்ணப்ப நாயக்கர் தாம் பல்வேறு சிதம்பர கோபுர திருப்பணிகளை மேற்கொண்டார். அப்போது கோயிலின் உட்பிரகாரத்திலேயே பெருமாள் சன்னிதியை பிரதிஷ்டை செய்ய முடிவு செய்நார். அவர் ஒரு தீவீர வைணவர். ஆனால் பல பொது தீட்சதர்கள் தற்கொலை செய்துகொண்டு அதை தடுத்த முயற்சித்தனர். அதை மீறி கிருஷ்ணப்ப நாயக்கர் உட்பிரகாரத்தில் கோவிந்தராஜ சன்னதியை ஏற்படுத்தியதாக தல வரலாறு கூறுகிறது. பெரும்பாலான கோவில் திருப்பணிகள் நடைபெற்று கோவில் பிரம்மாண்டமாக உருவெடுத்த வேளையில், தில்லை நடராஜனும் அலைக் கழிக்கப்பட்டதாகவும் ஒரு வரலாறு உள்ளது.
பீஜப்பூர் சுல்தான்கள் (1648 – 1677) செஞ்சியை தலைமையிடமாக ஆண்டுகொண்டிருந்தபோது, அவர்கள் ஆட்சிக்கு உட்பட்ட சிதம்பரம் கோயிலும் கொள்ளையடிக்கப்படலாம் என அஞ்சி, தில்லைவாழ் அந்தணர்கள் (தீட்சிதர்கள்) கி.பி. 1648-ல் இரண்டு மரப் பேழைகளில் ஸ்ரீநடராஜரையும், ஸ்ரீசிவகாமி அம்மையையும் மதுரையை நோக்கிச் சென்று குடுமியான்மலையை அடைந்தனர். பின்னர் அங்கிருந்து கேரள மாநிலம் புளியங்குடி என்ற இடத்தை அடைந்தனர். அங்கு ஒரிடத்தில் பூமியிலே குழி தோண்டி பேழைகளை மறைத்து வைத்து அந்த இடத்தில் ஒரு புளிய மரத்தையும் நட்டனர். பின்னர் தில்லை திரும்பினர்.
தில்லையில் அமைதி திரும்பிய சுமார் 35 ஆண்டுகளுக்குப் பிறகு, தில்லை வாழ் அந்தணர்களின் இளம் தலைமுறையினர் குழுக்களாகப் பிரிந்து சென்று தேடும் பணியில் ஈடுபட்டனர். அவ்வாறு பிரிந்து சென்றவர்களில் ஒரு குழுவினர் புளியங்குடியை அடைந்தனர். அங்கே பல பேர்களிடமும் விசாரித்தனர். யாருக்கும் தெரியவில்லை. இந்நிலையில், ஒரு வயதான குடியானவன் தன்னுடைய வேலையாளிடம், இந்த மாட்டைக் கொண்டு போய் அம்பலப் புளியில் கட்டு என்றாராம். இதைக் கேட்டதும் இவர்களுக்கு அது குறித்த விளக்கத்தைக் கேட்க வேண்டும் என்ற ஆவல் தோன்றியுள்ளது. அந்த வேலையாளிடம் கேட்ட போது அவன், எனக்கு எதுவும் தெரியாது, எங்கள் முதலாளியிடம் கேட்டு தெரிந்துகொள்ளுங்கள் என்று சொல்லியிருக்கிறான். முதலாளியிடம் சென்று கேட்ட போது அவரோ, இங்கே ஆசான் ஒருவர் இருந்தார். அவர் பல காலங்களாக இந்த பகுதியில் வாழ்ந்து வந்தார். தினமும் இந்த அம்பலப் புளி அடியில் வழிபட்டு வந்தார். அவர் தான் அந்த சிறிய பொந்தில் திருவுருவங்களைக் கண்டாராம்.
இந்த இடத்தில் விலைமதிப்பில்லாத ஒரு சுவாமி இருக்கிறார் என்றும், அதனை அறிந்தவர்கள் ஒரு நாள் இங்கே வருவார்கள். அதுவரை இதைப் பாதுகாக்க வேண்டும் என்றும், அவர்கள் உண்மையானவர்களா என்று சோதித்து அவர்களிடம் ஒப்படைக்க வேண்டும் என்றும் சொன்னார் என்றார். இவர்களோ, நாங்கள் தான் அந்த மூலமூர்த்தியின் உரிமைதாரர்கள் என்று விளக்கி அவரிடம் ஒப்புதல் பெற்றுக்கொண்டு தில்லையை அடைந்தார்கள். பின்னர் பல நூறு தில்லைவாழ் அந்தணர்கள் அந்த இடத்தை அடைந்து, தக்க ஆதாரங்களை விளக்கிச் சொல்லி, அவர் சம்மதத்துடன் அந்த இடத்தைத் தோண்டி தில்லை நடராஜரையும், சிவகாமி அம்மையையும் வெளியே எடுத்தனர்.
பின்னர் அதே போன்ற பேழைகளில் வைத்து தில்லை நோக்கி எடுத்து வந்தனர். வரும் வழியில் திருவாரூர் ஸ்ரீதியாகராஜர் கோயிலின் சபாபதி மண்டபத்தில் சிலகாலம் வைத்திருந்துவிட்டு அங்கிருந்து புறப்பட்டு வைத்தீஸ்வரன் கோயில் வழியாக தில்லைக்கு வந்தார்கள்.
1686-ல் மறுபடியும் தில்லையில் பொன்னம்பலத்தில் ஸ்ரீநடராஜரையும், ஸ்ரீசிவகாமி அம்மையையும் பிரதிஷ்டை செய்து, பல திருப்பணிகள் செய்து, மஹா கும்பாபிஷேகம் நடத்தப்பட்டது என்று தல வரலாறு கூறுகிறது.
1677-1697 மராட்டியர்கள் செஞ்சியை தலைநகராக கொண்டு நடந்த ஆட்சியின் கீழ் சிதம்பரம் இருந்தது. அவர்கள் அளித்த பாதுகாப்பினால், விக்கிரகங்களை திரும்பக் கொண்டு வந்தார்கள். பின்னர் அமைதி திரும்பி அவ்வப்போது புனர் நிர்மாணங்கள் நடைபெற்று புகழுடன் நடராஜர் கோயில் பரிமளிக்கிறது.
இப்படியாக சிதம்பரம் நடராஜர் கோயில் ஒரு கரடுமுரடான பாதையை கடந்துவந்த வரலாறு, நம்மில் பலரால் அறியப்படாத ஒன்று.














